Ｄキッズは翼竜に導かれるままに、大航海時代のカリブ海にやって来た。そこでイギリス兵と海賊黒ひげに追いかけられる親子に出くわす。ザンジャークも来ているのか、エドモントニアもいる。
父のロジャーはつかまってしまったが、息子のジムはマルムの手を取ってにげ出す。連中がねらっているのはジムがもつインカの秘宝を示した地図。それがザンジャークの探しているものにちがいない。
両親を救い出すためにも黒ひげを追いかけなければ。そこでDr.ソーノイダがあつらえた船はまるで海ぞく船。アクト団はノリノリで恐竜海賊団を気取る。しかしそのせいで、ロバート艦長のイギリス海軍パール号が海ぞくとまちがえてこうげきしてきた。必死でにげ出した一行は、魔の海いきに入りこむ。
そこには黒ひげとグーネンコが先に来ていたが、残りの地図がなければどうにもならない。一同はたまたま上陸した島で出くわす。
黒ひげはジムと宝の地図の交かんをせまる。仕方ないとリュウタは地図をわたすことに。黒ひげはザッパーにけしかけられて、嵐の中を出発。後を追うＤキッズだったが、アクト団のいつものつめのあまさで難破すん前。ザッパーがジョバリアで船を引っぱるのを見ると、リュウタはガブのギガライディーンで嵐をふき飛ばす。
かくなる上は恐竜バトルだ。ジョバリアとオフタルモサウルスがおそいかかり、スピノとフタバサウルスでむかえうつ。
宝島までたどりついたのに、宝のありかがわからない。ジムは相変わらずマルムにアタックしながら探しまわる。そこにミハサが黒ひげの海ぞく船に乗りこんでやって来た。
みんなは船ごと滝に飲みこまれたり、ジムが黒ひげに追いかけられたり、島全体がしずみ始めたりと大さわぎ。しかし、レックスがついに宝の地図の秘密を解いた。
ミハサがメガラプトルでおそいかかり、ガブ・エース・パラパラが立ち向かう。
中国唐代の西域。コスモストーンを探しにやって来たザッパーは、両界山のとびらを開けるために玄奘三蔵法師をゆうかいする。三蔵はザッパーを妖怪だとおびえるが、巨大なシャントゥンゴサウルスとは気持ちが通じあったもよう。
光の翼竜はコスモストーンを奪われてはならないとＤキッズに呼びかけ、バックランド号をこの時代にみちびく。
村人から三蔵の話を聞いたリュウタたちはさっそくあとを追って戦いをいどむ。マルムのプテラノドンとザッパーのトゥプクスアラではげしい空中戦が始まる。三蔵は「争いごとはいけません」と割ってはいるが、ガブが『ガトリングスパーク』を放ってザッパーは退散。三蔵はリュウタたちも妖怪なのだと納得する。
