Dr.ソーノイダひきいるアクト団と戦いながら、
みごと世界中に散らばっていた恐竜たちを集めたリュウタとレックスとマルム。
だがとつぜん、なぞのうちゅうじんザンジャークがあらわれ、
3人の両親たちをゆうかいし空中に消えてしまった！

リュウタたちDキッズは、アクト団をまきこんで、
タイムマシンに乗りついせきすることを決意する。
「謎の翼竜」にみちびかれ、ローマ時代・大航海時代などいろいろな時代をめぐり、
時空のかなたへさらわれてしまった両親をさがしだす旅がはじまる！